小说《西游记》诞生之后，唐僧取经的故事不再是刻印在史书上的、生硬抽象的、不为劳苦大众所认知的历史记载了。
随着“取经故事”被大众广泛认知之后，在学界也引起了激烈的争论，主要议题可以分为三大类：第一、《西游记》作者之争；第二、孙悟空原型之争；第三、小说《西游记》主题之争。
关于《西游记》之主题，早年有胡适、鲁迅先生等有专题评论，之后的几十年内很少有人再提起《西游记》主题之议题。直到二十世纪九十年代李安纲先生提出了全新的见解，但也在学界引起了轩然大波。蔡铁鹰先生认为：20世纪90年代《西游记》研究中压倒性的声音来自于李安纲。经过李安纲的精心包装,以“金丹大道”为核心的、试图将《西游记》证明成“证道书”的“《西游记》文化研究”带来了一系列眼花缭乱的论题和无数似是而非的成果。但这些称为“文化”的研究,其实是建立在毫无实证性可言的自我想象的基础上;而掩盖在阴阳、八卦、五行、生克等等之下的巧合附会、移花接木、信口开河、随意编造之类的所谓研究方法,则根本就是对学术的戏弄。（蔡铁鹰：《晋阳学刊》，淮阴师范学院，2005-07-30）
胡适先生对《西游记》有一段著名的评价：“《西游记》被这三四百年来的无数道士、和尚、秀才弄坏了。道士说，这部书是一部金丹妙诀；和尚说，这部书是禅门心法；秀才说，这部书是一部正心诚意的理学书。这些解说都是《西游记》的大仇敌。……这几百年来读《西游记》的人都太聪明了，都不肯领略那极浅极明白的滑稽意味和玩世精神，都要妄想透过纸背去寻那“微言大义”，遂把一部《西游记》罩上了释、道、儒三教的袍子（《〈西游记〉考证》）。”
鲁迅先生论《西游记》主题的文字，几乎集中地体现在《中国小说史略》的如下一段话中： “评议此书者……或云劝学，或云谈禅，或云讲道，皆阐明理法，文词甚繁。然作者虽儒生，此书则实出于游戏，亦非语道，故全书仅偶见五行生克之常谈，尤未学佛，故末回至有荒唐无稽之经目，特缘混同之教，流行来久，故其著作，乃亦释迦与老君同流，真性与元神杂出，使三教之徒，皆得随宜附会而已。假欲勉求大旨，则谢肇浙（《五杂俎》十五）之“《西游记》曼衍虚诞，而其纵横变化，以猿为心之神，以猪为意之驰，其始之放纵，上天下地，莫能禁制，而归于紧箍一咒，能使心猿驯伏，至死靡他，盖亦求放心之喻，非浪作也”数语，已足尽之。作者所说，亦第云“众僧们议论佛门定旨，上西天取经的缘由，……三藏钳口不言，但以手指自心，点头几度，众僧们莫解其意，……三藏道，“心生种种魔生，心灭种种魔灭，我弟子曾在化生寺对佛说下誓愿，不由我不尽此心，这一去，定要到西天见佛求经，使我们法轮回转，皇图永固’” 鲁迅对《西游记》的这段话是带有否定意味的。劝学，谈禅，讲道这是清人对《西游记》主题的提炼，鲁迅对此诸种观点是持反对意见的，至少他认为这书并不像前人说的那样深刻，而是认为此书是“出于游戏”， “使人读了但觉好玩而已”。
有上一辈大师们的定论，有学者们尖刻的批判，谁再敢“碰”《西游记》？但笔者认为，学术研究不同于创作文学作品。在学术层面上每一个议题的答案是唯一的，学术研究的过程应该是不同时代、不同层次的学者们逐渐向正确答案靠近的过程。
《西游记》中有没有“微言大义”？《西游记》是不是“处于游戏”或是中国的“成人童话”？要想认识《西游记》的主题究竟是什么，还是先要正真看懂《西游记》之后再下结论不迟。
主角孙悟空的原型问题，胡适就曾经提出过孙悟空原型是印度神猴哈奴曼的观点。鲁迅进行了反驳，他认为悟空的形象来自淮涡水神无支祁；近代以钱文忠教授为代表的学者们认为是唐僧取经途中遇到的弟子石磐陀。
孙悟空是小说《西游记》中的主角之一，也是主角之中的主角。找到他的原型也是破解《西游记》之谜的唯一金钥匙。一部小说的主角，是按什么时代、什么人物作为其原型的？这个问题只有作者自己是最清楚不过的。在找不到作者的情况下，我们要是抛开小说内容本身不管，再到浩瀚的历史长河中去“打捞”一个虚幻的神话人物形象作为原型，这种做法本身就是不合逻辑的。（笔者撰文二十多万字证明孙悟空原型是古代的青海王—吐谷浑。）
《西游记》作者是不是吴承恩？
从鲁迅、胡适先生那个年代起近一个世纪的《西游记》作者之争至今没有结果。利用网络搜索功能在中国学海中也未能搜到有用的信息。吴承恩是不是《西游记》作者？根据学者们的考证现存最早的三种《西游记》，都是“华阳洞天主人校”本，即明万历二十年金陵唐氏世德堂本，万历三十一年闽书林杨闽斋本，不详年代的《唐僧西游记》本。也就是说《西游记》是一本没有署名的小说。否定吴承恩是《西游记》作者的手段有两个：第一、无法证明他是作者；第二、找到真正的作者。凭个人感觉，找到真正的作者太难了，利用《西游记》原著中的具体内容来否定倒不是难事。
现行语文教材中称《西游记》作者是吴承恩，这种说法是在民国时期盛行起来的，有不少学者强烈质疑其可信度，也有不少学者持肯定态度，但争论双方都拿不出过硬的证据出来。
有道是文如其人,有什么样的作者,的确会有什么样的作品。特别是不寻常的经典作品的主题一定会和作者一生的经历会息息相关。为了揭秘《西游记》之谜，众多学者旷日持久的《西游记》作者之争是必须的。但笔者看来沿着正确的方向行进也会遇到死胡同，如果知难而退、另辟蹊径也说不定能有好的收获。
笔者要提出一个假说，用来证明《西游记》作者能写出这样一部旷世经典作品，至少在空间、时间、社会历史条件各方面的合理性：假设《西游记》作者是明代洪武年间从南京发配到青海的汉人之一，这位饱读诗书、踌躇满志、正准备走上仕途的才子因其族人无意间得罪了朱元璋的夫人“马大脚”被迫跟随族人来到青海湟水流域，与当地土人一起生存了下来。这位才子满腹学问，但在边陲青海少数民族地区因自然条件所限，这里的任何时间段急需的是用来生存的物资，而不是学问！小学水平的识字人和大学问家的待遇是一样的。
有了这个假说，《西游记》中的淮安乡音、土族方言之谜迎刃而解了。学界罗列了不少淮安乡音，但里面还有不少青海土族方言不为中原学者所识。“乌鸡”（国）、“狮驼国”、“祭赛”（国）等等都是土族语言，除了能从语音能够识辨之外，这些方言的含义还能用文章内容加以证实。
《西游记》中有很多数字和故事情节，经过破译发现《西游记》是以唐僧取经为线索，用古代青海的吐谷浑王国及其当地少数民族民俗民风为题材抒发作者情感的一部小说。书中反映出的故事情节与今天的土族民俗、土族先民的历史严丝合缝。我们知道小说中的故事情节是可以虚构的，人们也深信《西游记》故事是荒诞的虚构，但笔者仔细比对了《西游记》故事情节中的细节与土族民俗民风发现，每一件事例好像都经过了精心安排，富含逻辑性，并非天马行空般胡掐一气。如果没有和土族群体一起长期生活的经历，断然写不出这样的一部经典小说的。当然，有人会说吴承恩完全可以按民间传说及现有的残本进行整理改编，对此笔者认为，一部小说中的情节完全有可能与民间传说相类同，但一两件类同可以，三四件类同也可以吧？《西游记》故事情节可以说完全与土族历史文化类同！笔者能拿出几十篇论文以证明这些类同。
更为出奇的事件是：唐僧师徒经历“五庄观”时，有两个道童，名叫清风、明月，用他们的岁数可以推导出青海佑宁寺的建寺纪年——1604年。也就是说《西游记》作者在公元1604年还活在世上，以此足以证明吴承恩不是《西游记》作者。
中外学者也早已看出《西游记》主题中富含对皇权的鞭挞和讥讽的成分。地处青海湟水流域的汉人群体集体认同他们的祖居地在南京，盛传在一次“社火”表演中，一人扮演了怀抱西瓜的大脚马猴，触犯了朱元璋夫妇的忌。怀抱西瓜即：影射朱元璋老家“淮西”；大脚马猴影射到了朱元璋的夫人“马大脚”。
早在元末，明朝还未建立起来之时江淮地区的文人们早已对朱元璋颇有微词，具体表现在舞台杂剧，曾肆无忌惮地进行讽刺和挖苦。明朝建立后，朱元璋对当下文人们的痛下杀手，其原因并非是一场“社火”剧那么简单，真可谓是“冰冻三尺非一日之寒”。
如果《西游记》作者真是一位来自南京的、在青海生活了一辈子的大学士，他一定会在他的《西游记》中变本加厉地凌辱对他们一族带来灾难的朱元璋皇帝！
事实上，《西游记》作者就是这样做的。
笔者认为《西游记》中猪八戒形象就是在影射朱元璋（朱重八）。按昆仑文化系统，帝王灵魂可以转世，天蓬元帅影射的是唐朝叛将安禄山。“天”指唐朝廷，能将“天”“蓬”起来的装置就是边关军事力量。
唐僧取经故事在宋元时期已经搬上了舞台，在元剧中“胡孙”和“沙僧”的形象已经形成，这时的“胡孙”还不是《西游记》中的“猢狲”。直到元末才出现了“猪”的形象，此时的高老庄主的女儿是“朱小姐”，后期《西游记》中“猪”的形象更加完整了，“朱小姐”又变成了“高小姐”。
《西游记》中，对猪八戒身世的描述、九齿钉耙的来历等，都与元末农民起义推翻元朝的历史相吻合。（详见猪八戒原型探究；《土族溯源和西游记考》）
总之，研究《西游记》的路还很长，一部文学巨典给后世来人的启迪必将源远流长……