毕节站为线侧平式，中型铁路旅客车站。站场设计规模为8 站台面12线，含4条正线；其中成贵线5站台面7 线，含2 条正线；叙毕线3站台面5线,含2条正线。叙毕线另预留远期3站台面3 线。设450m×12m×1.25m侧式站台1 座和岛式站台2座（成贵线）、550m×12m×1.25m 岛式站台2座（叙毕线）、12m宽旅客进站天桥一座、12m宽旅客出站地道1座、行包地道1座、站台上设等长等宽有柱钢筋混凝土雨棚。

站房建筑面积为19547.06㎡，站台雨棚覆盖面积为16200.0㎡，旅客跨线天桥投影面积为2098.42㎡，旅客地道面积为2916.07㎡。最高聚集人数1500人，高峰小时旅客发送量796人（2034年）。站房建筑总高度为23.815m，地下一层，地上二层（局部有夹层）。

站房构思取意“层层叠叠高，鹜新明日升”，其构思立意来源于毕节市独特地貌而形成的连绵梯田和具有鲜明民族特色的民居建筑，层层叠叠的梯田，凝聚着毕节人民的劳动智慧和生活审美。

在交通规划上，围绕着毕节站，立体布置有旅游交通车站、公交车站、出租车和社会车辆停车场。车站流线组织采取“上进下出”。多种交通方式的无缝衔接，高效、快捷的为旅客出行、换乘提供了便利。

站房进出站模式：线侧平站型，采用“上进下出”的客流组织模式。 进站：基本站台乘车的旅客可由车站广场直接进入一层进站集散厅，安检后到达首层候车大厅，检票后直接到达基本站台；中间站台的旅客安检后通过楼扶梯进入高架候车大厅，检票后通过跨线天桥进入中间站台。 出站：在基本站台下车的旅客，从基本站台直接进入出站集散厅，经检票后出站；在中间站台下车的旅客，经进出站地道，到达出站集散厅，检票后出站；或者到达地下出站通道，检票后到达站前广场地下空间。