科莫多公园座落在巴厘岛的东部200海里处，位于较大的松巴哇岛和福罗里斯岛之间，所有这些岛屿都是努沙登加拉群岛的一部分。这个独特的生物圈形成于火山的抬升运动，包括巴布新几内亚东部的苏门答腊岛、爪哇岛和巴厘岛。

1928年荷兰东印度殖民政府确立了科莫多岛的自然保护区的地位。1980年印尼把它定为国家公园。科莫多国家公园主要部分位于热带草原气候区，主要包括母贝勒林和那哥诺格森林保护区及呜勒·母贝若克自然保护区，有着成片的棕榈树林和广阔的草地。

科莫多国家公园四周环水、风景宜人，占地219，332公顷，由两个主要的大岛(科莫多岛和瑞音克岛)及附近无数的的小岛组成，科莫多公园内主要包括母贝勒林和那哥诺格森林保护区及呜勒·母贝若克自然保护区。

科莫多国家公园内的岛屿普遍都是悬崖峭壁，非常凶险，并且仅有很小的海湾及港口:比如，普勒尤-科莫多是一个多山的岛屿，它的最高峰海拔八百二十七米，其主要部分位于热带草原气候区，有着成片的棕榈树林和广阔的草地;其一小部分地区位于覆盖着落叶林的热带气候区，有两个小的红树林生物群落点缀在落叶林中;

而另外一个主要的岛屿普勒尤·瑞因克岛主要由连绵起伏的山岭组成，其南部是海拔667米的都若山，而北部虽然都是低矮的山岭但却极其险峻。无数的珊瑚礁同样也是公园景色的一部分:和其他印度尼西亚地区不同的是，这里的珊瑚礁受炸药捕渔业的影响损坏相对的比较小，它们组成了水下美丽的风景线。

科莫多国家公园的主人之一科莫多蜥蜴，在普勒尤·科莫多岛上的观测点可以很轻松地捕捉倒它的踪迹，据估计，(2010年)这个地方的蜥蜴数量不少于三千只。科莫多龙其祖先可追溯到1亿年以前，巨晰类起源于4000到2500万年前，科莫多龙就是400万年前从巨蜥类发展而来。

由于火山和地震活动，科莫多岛的生态系统与世界其它地方隔离开来科莫多岛上独特的生态孕育出一些特有的生物，当中最著名的是地球上最大的蜥蜴─科莫多龙，以及地球上最原始的哺乳动物之一的眼镜猴。

科莫多巨蜥，又叫科莫多龙，是现存种类中最大的蜥蜴，分布在印度尼西亚小巽他群岛的科莫多岛和邻近的几个岛屿上。[1]科莫多巨蜥濒於绝种，现已列为保护对象。科莫多巨蜥外观十分丑陋可怖，皮肤粗糙，生有许多隆起的疙瘩，为黑褐色，口腔生满巨大而锋利牙齿。科莫多巨蜥体型巨大，成年雄性科莫多巨蜥大约有3米长，136千克重。

它捕食动物时，凶猛异常。奔跑和游泳的速度极快。它的毒液和尖爪是捕食的"工具"。科莫多巨蜥以岛上的野猪、鹿、猴子等为食。只要成年的巨蜥一咬，就可以将水牛毒死，然后将水牛吃掉。吃不完时，它还将余下部分埋在沙土或草里，饿时可吃。